Nel tempo Odifreddi è stato identificato come anticlericale anche in relazione alla sua presenza in TV in trasmissioni e dibattiti concernenti la religione[32][33] e nel 2003 è stato nominato presidente onorario dell'Unione degli Atei e degli Agnostici Razionalisti[34] accanto a scienziati come Margherita Hack, Danilo Mainardi e altri.

Tuttavia le polemiche maggiori sono state sollevate nel 2007 dalla pubblicazione di Perché non possiamo essere cristiani (e meno che mai cattolici), soprattutto a causa dell'introduzione, intitolata Cristiani e cretini, ripresa da un articolo di poco precedente[35], nella quale viene ricordato che una delle etimologie correntemente proposte per la parola «cretino» è la derivazione da «cristiano», tramite il francese chrétien/crétin (Odifreddi cita il vecchio Pianigiani[36], ma la stessa etimologia è riportata, per esempio, dal Nuovo Dizionario Etimologico della Lingua Italiana di Zanichelli).